ある日突然、幼馴染が死んだ。佐々木圭斗の幼馴染だった河北菜月が死ぬ前日、圭斗は突然携帯で菜月呼ばれ、昔よく菜月と遊んでいた公園で菜月と久々に会い、圭斗と菜月とで小さい時の思い出や今の学校生活などの話をし、菜月とのささやかなひと時を過ごした。菜月と別れる際、その時の菜月はどこか辛く悲しそうな表情をしていた。それが菜月と過ごした最後の日となった。
　菜月の葬式が終わり、菜月の突然の死という事実に圭斗は受け入れられず、菜月の死の辛さのあまり圭斗は廃人となり、自身の部屋に引き籠るようになった。そんな時突如菜月の”親友”を名乗る女子高生が圭斗に用があるとのことで、菜月と最後に過ごした公園でその女子高生…長瀬咲希から河北菜月は魔法少女であったことと、それが菜月の死と関係があることを知らされる。
　菜月のこと、魔法少女とそれに敵対する黒獣の存在を知った俺は菜月の死の真相を明らかにするため、圭斗自身も魔法少女（魔法少年）になることを決断する。