人類が〝魔法〟に目覚めておおよそ10年の時が経った頃。 制度や体制が見直され、人々は〝魔法〟と隣り合わせの生活に順応しつつあった。 日本で唯一の『国立魔法高等学校』に通う楠木琴音も、『稀少属性/光』に適性があるだけのただの女子高生。 けれどそんな日常は、『鍵魔法使い』新藤翆との出会いにより一転する。 学校内のとある事件に巻き込まれたことで、翆が隊長を務める精鋭部隊『第十一隊』へ入隊する羽目になり―― 思想が魔法を定義する。 そんな世界で「魔法は人を救う」と信じる琴音と、 「魔法が人を殺す」現実を直視する翆が共に歩き始める。