太陽の咆哮が文明を焼き尽くした近未来。地中海に浮かぶ無法地帯、国際諜報都市カレイドポリスに、一人の女性エージェント「霞」が降り立つ。彼女の目的は、消息を絶った恋人が遺した謎を解き明かすこと。 しかし、彼女が足を踏み入れた旧市街スロウタラムは、人々を狂わせる謎のドラッグと、暴力が支配する死の街だった。 老婆を救ったことをきっかけに、孤児の少年ジン、そして街の過去を知る古物商カインと出会う玲。彼女は、恋人が追っていた地球外物質「魂石」の存在と、それを巡る巨大な陰謀に巻き込まれていく。 魂石を狙うのは、狂信的な理想を掲げる巨大企業のCEO、国益のために非情な手段も厭わない特殊部隊長、そして、世界の裏で糸を引く正体不明の組織「巨大な影」。 三つの勢力がぶつかり合う混沌の街で、玲は自らに眠る未知の力に目覚めていく。これは、孤独な魂たちが奏でる、絶望と希望のプレリュード。 カレイドポリス / スロウタラム 地中海に浮かぶ、かつての国際諜報都市。ゼロデイ・フレアによって文明が崩壊し、新市街は廃墟、旧市街は「スロウタラム」と呼ばれる無法地帯と化した。暴力と、スタークが撒いたドラッグが蔓延し、街全体が死にかけている。 魂石（アニマ・ストーン） 月の裏側で発見された地球外結晶体。周囲の環境や人間の精神に影響を与え、共鳴する力を持つ。共鳴した者の五感を増幅させ、未知の能力を覚醒させる。スタークはこれを神と崇め、黒龍は治療薬として、玲の父や渉は人類進化の鍵として見ていた。 調律者（チューナー） 魂石の力と「調和」し、その奔流を制御できる特殊な資質を持つ者。玲がその能力者であり、物語を通してその力を覚醒させていく。 『巨大な影』 国家や企業を超越し、世界の裏側で暗躍する秘密結社。スタークや東亜連邦さえも駒として利用し、自らの理想とする新世界秩序の確立を目論んでいる。所属する「掃除屋」は、感情のない冷徹な戦闘のプロフェッショナル。 Astro^Gate社 / ヴィクター・スターク フレア以前、世界のテクノロジーを牛耳っていた巨大企業。CEOのスタークは魂石の力に魅入られ、ドラッグを用いて旧人類を淘汰し、自らが神となる新世界を創造しようとした。 東亜連邦 / 黒龍 フレア後の世界で影響力を持つ国家勢力の一つ。国益のため、魂石の確保を目指し、特殊部隊長である黒龍をカレイドポリスに派遣した。