西暦3000年、宇宙人『バグザ軍』との戦争に負けて地球全土が植民地になってしまった——！ 戦場でただ一人生き残った少年『ベリア・ルッツ』は巨大ロボット『エボルグ』に乗って宇宙を漂っている所を、秘密裏に戦力を集めている戦艦『ビヨンドレイン』に拾われる。艦長である少女『マシャナ』はユーマに対して、「エボルグは異なる世界に機体を飛ばす能力がある。」と告げ、『改良人間』である少年ベリアはその高い身体能力を活かし、ロボットに乗って異世界へと向かい機体の回収とパイロットのスカウトを始めるのだった！