全ての地面が水没し、海上に突き出た巨木の枝「世界樹」に人類が暮らすようになった世界。海に漂う瘴気とそこから生まれる魔物が人々を脅かしていたが、精霊が人類に力を貸し、人類は科学の力を精霊の力と融合、やがて生まれるようになった精霊の一種「機霊」を機会に宿らせて生存を保っていた。
　この世界に転生した青年、カズトが主人公。
　カズトは転生前の世界でアクションＲＰＧ「ネバーエンドオーシャン」、通称「ＮＥＯ」をプレイしていた。転生後の世界は、そのゲームの世界観と一致。
　しかし、ゲームでは決して消えないはずの重要アイテム「翼」が入手直前で失われてしまう。そして、自分が進めていないはずのシナリオが進む事態に。そのシナリオとは、自分たちが住む世界樹が崩壊する、というもの。
　ゲームでは翼の力で難を逃れるはずが、カズトには翼はなし。この危機を彼はどう乗り越えるのか……