帝国軍大尉ウィル=ブラッドベインは、親友マルクと共に共和国領での偵察任務中、上官バリエールの裏切りにより部隊を壊滅させられる。瀕死の重傷を負ったマルクを背負い敵地を彷徨う中、謎の魔導兵ノエル=フォン=ゼア公爵に救われる。 ノエルは帝国最高峰の魔法使い「皇帝の杖」でありながら、戦争そのものを憎む少女だった。彼女はマルクを魔法で治療するが、バリエールの追撃によりマルクは命を落とす。死の間際、マルクはウィルに「戦争のない世界を作る」という夢を託し、重要な情報が記録された魔石の指輪を遺す。 冤罪で投獄されたウィルをノエルが救出。二人は共和国との大規模戦争の最中、マルクの遺志を継ぎ「超国家機関による軍事力均衡システム」という壮大な平和構想を実現させるため行動を開始する。 戦場では「新しい秩序の会社」という謎の組織が暗躍し、蘇生魔法で操られた兵士たちが跋扈していた。ウィルとノエルは敵味方を問わず負傷兵を治療する野戦病院で、偶然にも共和国平和派との接触に成功する。 国境の廃教会で行われた秘密会談。共和国平和派の元騎士団長ルノーとアデル少佐は、ノエルの真意を「命がけの試験」で確かめる。生死の境を越えた信頼関係の中で、帝国と共和国を越えた平和への同盟が結ばれようとしていた。 だが、戦争の狂気は容赦なく二人を襲う――。