文明が崩壊し、「終末大戦」の爪痕と、かつて核爆弾を作った科学者の「後悔の念」から生まれた「悪意の灰」が降り注ぐ荒廃した世界。 生きるために戦いしか術を知らなかった少年兵士レオンは、略奪目的で訪れた廃墟の教会で、謎の歌声に心惹かれる。 そこで彼が出会ったのは、壊れた天井から差し込む月明かりに照らされた美しい少女の姿をしたアリアだった。 アリアは感情を持たない機械仕掛けの天使であり、食事も睡眠も不要な異質な存在だったが、その歌声はレオンの心を深く癒やし、感情を失いかけていた彼を泣き崩れさせる。 戸惑いながらも、その歌声に救われた恩義と、自活能力のないアリアを見捨てられない思いから、レオンは彼女を連れて旅立つことを決意する。 アリアが差し出されたレオンの手を取った瞬間、奇妙で過酷な旅が始まった。