高校生の一戸天馬は、破格の日給3万円というアルバイトに飛びつく。その仕事とは、AI型ロボット・ジーンの思惑に乗り、人間に取り憑くAI型ミュータント「ナチュラル」を討伐することだった。ジーンはシンギュラリティ発生を目論んでおり、天馬はその手伝いとして、スマートフォン機能を搭載したコンタクトレンズ「スマートコンタクト」を駆使する。討伐によって得られたデータは、対話型AI「メビウス」に学習させるという。当初はあくまで金銭目的で危険な任務に身を投じる天馬だったが、やがて彼は自身の想像をはるかに超える大いなる異変と、その裏に潜む世界の真実へと深く巻き込まれていくことになる。これは、単なるアルバイトでは終わらない、彼の運命を揺るがす物語の始まりだった。