平凡な高校生・田中太郎が目を覚ますと、なぜか別世界の「佐藤悠真」として生活していた。この世界には問題のある生徒を改善する「指導プログラム」があり、佐藤も受講中らしい。 しかし主人公は、なぜか元の世界の記憶を鮮明に覚えている。困惑した彼は、指導対象者のサポート係である生徒会副会長・白石雪菜に相談する。 最初は「指導の副作用」だと考えていた白石だが、主人公の記憶があまりにも具体的なことに疑念を抱く。二人で調査を進めるうち、指導プログラムには恐ろしい秘密が隠されていることが判明する。 果たして主人公は元の世界に帰ることができるのか？そして指導プログラムの真の目的とは——？