事件の発端は放射性廃棄物中間貯蔵施設・建設予定地の事務所用プレハブハウス。その中で尚也の友人が死体となって発見される。だが、プレハブハウスは密室。殺人事件と断定した地元警察は捜査を開始するも難航し、やがて依頼を受けた卓司と尚也が密室の謎を解明し犯人に迫ろうとするのだが、いつしか２人は世界中を震撼させる大きな陰謀に巻き込まれて行く。