ミリアムがGRSI本部の一室で、古い水槽の中で泳ぐ小さな熱帯魚に優しく語りかけている。魚のわずかなひれの動きや泡の音にも耳を傾け、まるで魚の気持ちが分かるかのように微笑んでいる。彼女の周りでは、カケルたちが最新の機材を操作しており、彼女の行動は少し浮いた存在に見える。 カケルが、ミリアムの行動を見て「ミリアムはいつも動物と話してるみたいだな。でも、宇宙はそんな優しい場所じゃない、時には厳しい判断も必要だ」と冗談めかして言う。ミリアムは「でも、命あるものはみんな、何かを伝えようとしてるんだよ」と答える。 そんな時、GRSIチームYに新たな任務が下される。惑星アクエリアの調査だ。アクエリアは水に覆われた希少な環境を持つ惑星で、銀河鉄道の無人駅が存在する極一部の陸地以外は、広大な海が広がっている。その海に生息する、光を放つ知的生命体「ルミナス・ホエール」が絶滅の危機に瀕しているという報告が入ったため、その原因究明と保護が目的だ。 現地からの報告映像には、弱々しく光を放ち、苦しそうに泳ぐルミナス・ホエールの姿が映る。ミリアムは彼らの姿に心を痛める。 ノアの調査で、アクエリアの海が汚染されており、その原因が一部の悪質な業者による不法投棄であることが示唆される。特に、「ガスクロス産業」という大手廃棄物処理業者の関与が疑われている。 果たして、チームYは惑星アクエリアを救うことができるのか？？