転校生の桃宮愛花は校庭で妖精のリリィが悪魔に追いかけられているところを見つけて、助けようとします。
すると、リリから受け取ったブローチで愛花は花の妖精フェアリーフラワーへと変身します。悪魔を倒した愛花を見てリリはフェアリーガールを見つけることができたと大喜びします。
フェアリーガールとは妖精の王女フェアリープリンセスの候補者のことです。
フェアリープリンセスに選ばれると妖精の女王からお願いを一つだけ叶えてもらえます。愛花のお願いは「世界中の人とお友達になる」ことです。

愛花は自分のお願いを叶えるためにフェアリープリンセスを目指して、他のフェアリーガールと協力して競い合いながら悪魔と戦っていきます。