2030年代、日本に突如として現れた"アギ"──それは人智を超えた能力を持つ人間の総称。技術革新の象徴として国を発展させた一方、アギによる犯罪や、能力を持つ動物“魔獣”の出現により、日本は再び混迷へと傾いていった。事態の収拾を図るべく、国家直属のアギによる武装機関「対異種能力機構A.O.S」が設立される。 それから時は経ち2106年。田舎で生まれた15歳の少女・御巫紡（みかなぎ つむぐ）は、自身がアギであることを自覚しつつも、未だ能力の片鱗すら掴めず、退屈な日常を送っていた。だがある日、突如現れた異形の存在が、彼女の運命を大きく狂わせる。 かつての日常と自らの存在を喪失した御巫が向き合うのは、「人間として生きる」か、「怪物として見なされる」か。 世界の秩序と異能の狭間で、ひとりの少女が選ぶ答えとは──