正体不明機を追った自衛隊機が日向灘で消息を絶った。行方不明の自衛隊員の娘、佳奈は父の危機を夢で知り、不時着した正体不明の飛行物体と気絶した少年を見つける。自衛隊基地の武術教官だという老人、武見と飼い猫のトマトと出会い……。そして、アメノトリフネという謎の機体。様々な謎が解けぬまま、襲い来る黒ずくめの男たちと少年は自分の中に眠るキハチの力で戦う。 　やがて、物語は遥か過去の出来事から現代の高千穂へと舞台を移す。徐々にひもとける過去の記憶。謎の敵オモヒカネとの戦いは加速し、少年の中に眠るキハチの力が完全に目覚めた時、全ての因縁はつながる。