突如宇宙から襲来した生物E-187、通称『カイブリアン』によって地球の8割以上が汚染された土壌と化した。人類が絶滅を前にした時、イゲティスを指導者とし遊園地の跡地に人類が生き延びるための『黄昏の楽園』を作り上げた。
少女イディアは恋人のエラスティスと共に生き残るため、黄昏の楽園を訪れる。
そこは希望の楽園かそれとも…。