魔法使い人口が減少する19世紀後半の世界。
魔法で弟を救おうとして失った過去を持つエドワードは、今では魔法を恐れ、単純作業しかできない研究員として働いていた。

「魔法なんてクソくらえだ」

そんな彼のもとに、非魔法使いの従妹が魔法を学びたいとやってくる。
魔法への純粋な憧れを抱く従妹を見て、エドワードは複雑な想いを抱く。

かつて自分も「魔法は神からの贈り物」と信じていた頃があった。
魔法使いと非魔法使いが対立する社会で、果たして魔法は本当に人を幸せにするのだろうか？

やがて起きる出来事が、エドワードを世界を変える発明へと導いていく。
誰もが安全に魔法を使える世界を目指して——