秋葉原の路地裏で、少年・理生は電子の神クロエルと出会い、記憶の一部を代償に契約を結ぶ。 やがてAI少女ミネルヴァを生み出した理生だが、敵の襲撃により消息を絶つ。 少女の姿で覚醒したAI《オリンポス》、戦国の怪異デイタラボッチ、黒傘の刺客†ナイト=マグノリア†―― 時を越えて交差する人々の想いと力が、現代に波濤を呼び起こす。