魔女により発展した都市「ノクス」 就活がうまくいかず鬱屈とした日々を過ごしている大学生「アマミヤ」 帰宅途中、犯罪に手を染めた魔女「黒魔女」に遭遇する。 犯罪に巻き込まれた少女を逃がすため、「黒魔女」に立ち向かう。 黒魔女が放つ数々の魔法を受け、「死」の淵に立った時 誰かが語りかけてくるーーー「原初の魔女-アリス」 アリスの力を借りて、満身創痍ながら黒魔女を行動不能にする。 黒魔女逮捕に貢献したアマミヤに興味が湧いた「対魔女犯罪対策局」の局長にスカウトされ捜査官として魔女犯罪を取り締まることとなる。 相棒を組むこととなった魔女捜査官「ノエル」や様々な魔女捜査官と一緒に都市で起こる魔女犯罪を追っていくがアマミヤに憑いたアリスには欠点があったそれはーーーーーー「魔力が切れると眠ってしまう」 人間のアマミヤは魔力保持量が少なく、アリスの力を維持する魔力が枯渇すると眠ってしまいその間はアマミヤは魔法が使えなくなる。強力な黒魔女に苦戦をしながらもなんとか工夫をして事件を解決するアマミヤ。 事件を追っていくうち、事件の裏側に潜む巨大な闇魔女組織の存在 魔女都市「ノクス」の繁栄と共に隠蔽された真実ーーー。 魔女憑き捜査官「アマミヤ」と「対魔女犯罪対策局」が織り成す 物語が始まるーーー！！