Fageーそれは沈んだ湾岸に〝沈没都市・ファルガーン〟が建設された時代を呼んだ。沈没都市はAI〝ＭＳＳ〟が「人々の未来を繋げる」という理念のもとつくった都市型の船である。理念が実現化した沈没都市だったが、ゴミばかりが残された内陸との溝が深いまま、MSSはある時、永久停止をしてしまう。――そしてMSS停止から26年後。少女・マナは理念の遂行のため、ある組織の一員として行動していた。組織はMSS停止以降から確認される「魔法のような武器〝ギフト〟」を集めており、マナもまた、ギフトの一つを宿した1人であった。組織から与えられる役目を忠実に果たす日々の中、同じくギフトをもつという少年・サクタに接触することになる。彼との出逢いをきっかけに、彼女の中で彼女だけの価値が少しずつ積もり、組織の計画〝Causal flood〟の真相へと導く燃料となる。理念がもたらした毒を巡り、マナがさいごに残すものはーー。