地底を泳ぎ、緑青化させる毒を振り撒くる鯨、“タオ”。そのタオの犠牲となった有機物─元人間─“エダ”。金を持った人々はタオとエダの襲撃を恐れて、空中都市“都”に移住する。地上に取り残された貧しい人々。タオとエダを屠る、唯一の武器、日本刀を持った“庭師”と呼ばれる少年たち。彼らは何を想い、何を求めて闘うのか。