極度の人見知りでありながら、他者の感情と魔力に過敏に共鳴する特殊な能力を持つ少女、ホシノ・ヒカリ。世界最高峰の魔法学園「エレメンタル・アカデミー」に入学した彼女は、他者の感情の奔流に圧倒され、孤独を深めていた。 そんな中、学園内で起こる不可解な事件――古代のルーンストーン消失、生徒の魔力暴走、そして学園最大の祭典で起こった大規模な魔力干渉事故をきっかけに、ヒカリは熱血漢のレオンとクールなシャオと共に、学園に隠された謎を追うことになります。 調査を進めるうちに、三人は学園の地下に隠された「魂の炉心」と、学園創設者の一人であるマスター・ゼファーが、禁忌の魔法で生み出そうとしていた「原初の魔獣」の存在を知ります。そして、ヒカリの能力が、かつてゼファーの暴走を止めようとした賢者ホープの「浄化の力」を受け継ぐものであることが明らかになります。 仲間との絆、そして祖母から託された願いを胸に、ヒカリは自身の能力を覚醒させ、学園を覆う闇と対峙します。三人は力を合わせ、ついに原初の魔獣を浄化するものの、その背後に潜んでいた真の黒幕、学園長の歪んだ理想を知ることになります。 すべての真実が明らかになった後、三人は学園を再生へと導き、そして、七賢者たちが成し遂げられなかった理想を求めて、新たな旅路へと出発します。これは、孤独な少女が仲間と出会い、自身の使命を見出し、世界の闇を浄化する力を手にするまでの物語です。