高校一年生の橘(たちばな)秋空(あきら)は小学校からの同級生佑太(ゆうた)、中学からの友人相馬(そうま)と鮎川(あゆかわ)の四人で天文学部の幽霊部員として毎日を漫然と消費する平和な日常を過ごしていた。 　夏休みを目前としたある日、私立の女子高から柊(ひいらぎ)夏音(かのん)というとんでもない美少女が転校して来る。さらに夏音は初対面の秋空になぜか好意を寄せ始める。同じ部活にまで入部しようとする夏音に戸惑いながらも、なし崩し的に受け入れ始めた秋空に、相馬から夏音に対する不可解な噂を打ち明けられる。 　時を同じくして、秋空は夜の公園の丘で夏音とうり二つの美しい少年、ナオと出会う。真っ白な髪に肌、金色の瞳を持ち、夜の世界でしか生きられないという不思議な少年ナオに、秋空はなぜか心が惹かれていく。 　ナオと夏音に何らかの関りがあるとわかり、夏音に対する疑念とナオへの心情が重なった夏休みの最中、事件が起こる。何者かによる部室の爆破、そして街中で秋空を狙った事故での虐殺、姿を見せなくなったナオ。秋空は事件が夏音の手によるものと確信し、ナオを夏音の元から奪還すべく相馬に助力を求め、鮎川、佑太と共に柊邸への潜入を敢行する。 　夏音の残忍な正体を知り、その狙いがナオの能力を使って不老不死の力を得ることと知った秋空は、ナオを連れて逃走する。二人は幼少期に出会っていて、事故で命を落としかけた秋空をナオが救い、命を繋いでいた。 　屋敷に火を放たれ、相馬達ともはぐれ、銃と手下を使って執拗に追い詰める夏音に秋空とナオは決死の脱出を試みる。負傷し、命の危険に晒されながらもついに夏音から逃れることに成功した。死んだと思っていた相馬たちとも再会し、ナオは夏音から解放され、生まれて初めての朝焼けの空を眺めた。そして黎明の空の下、二人は心を通わせるのだった。