魔法科と呼ばれる学科をもつ高校─『龍空(りゅうくう)高校』。生徒達は魔法の正しき使い方と知識を学ぶため、日々勉学に勤しんでいる。 蔵の奥で発見した刀─『夜桜』を手に取った瞬間、絶滅魔法に分類される魔法─『夜叉魔法』の力を覚醒させた少女─『レビィ・サファイア』は、そんな龍空高校魔法科へと転校することとなった。 そして転校初日、レビィは同じ絶滅魔法の１つ─『閃風魔法』の使い手である少年─『シャイン・エメラルド』と出会うのであった。 この2人の出会いが、世界をも巻き込む壮大な物語の幕開けとなるのであった。