魔法少女は紀元前よりその素晴らしい力を知られ、怪獣と対となって扱われてきた。魔獣と契約すると人間は魔法少女になることができる。そして、その力を誰かのために使って人と同じように死んでいく。都内に住む女子中学生瀬戸日柚知《せとひゆち》は、力に伴う責任を守る自信がなく魔法少女になる素質がありながらも魔獣との契約を避けてきた。しかし、彼女の親友明日遊久音は魔獣に誘われて契約をしてしまう。怪獣の出現する頻度の増加、出現する怪獣の強大化、世界は変化し続ける。