孤島の大図書館で暮らす少女・アイは、生まれてこの方一度も外の世界を知らずに生きてきた。 彼女のそばにはアルと呼ばれる不思議な存在がいて、毎日を淡々と過ごしていた。 ある日、外界から一人の青年・フォンが現れる。 彼の目的は神話に語られる「知恵の実」を探すこと。 アイの読んでいた神話と同じ言葉を口にする彼の存在に、少女の世界は静かに揺らぎ始める。 「君はクロートザック博士の傑作かい？」 「知恵の実は、ここにあるのかい？」 神を欺き、禁忌を犯して生み出された知恵。 世界の理に挑む者たちが、ひとつの問いに導かれていく。 ――狂気孕みて、生まれるものは？