内閣直轄特異事案対策局は、国家に重大な害を及ぼし得る事案のうち、科学的説明が困難であり、また社会通念上、公的介入の難しい現象およびその現象の原因となる個体（物的・人的は不問）について、調査、掌握、および国家安全維持への応用を目的とする研究に資することを任務とする。