2037年。日本政府は、「サムライ」の生き残りであり、不死身の身体をもつ頼（らい）を使って、法で裁ききれない犯罪者を極秘裏に殺害する〈サーヴァント制〉で、悪の殲滅を遂行していた。しかしある日、「この国から最後のサムライを消す」という謎の人物による声明が報道される。頼は、それを潰すべく動き出すのだが、そこで待ち受けていたのは頼に、そして日本に仕向けられた巨大な罠だった——。