現代日本の大学院生・相楽凛（さがら りん）は、研究資料を守ろうとして事故で命を落とす。気がつけば王都の小さな図書館に“見習い書記”として転生していた。だがこの世界の図書館は普通ではない──蔵書は「世界の記録」であり、任意の“記述”を【索引（インデックス）】として編集できる仕組みがある。小さな一行を書き換えれば病が治り、数ページ編集すれば飢饉が緩和される。ただし編集は“インク”という希少資源を消耗し、履歴を改変するたび別の摩擦（副作用）が生まれる。 現代知識と図書館の“編集”能力を得た凛は、日常の事件（疫病、誤訳で起きた外交トラブル、消えた蔵書に関する暗躍）を次々解決していく。その過程で「改変された歴史」を巡る貴族の陰謀、神代の禁忌に触れ、王都の均衡を揺るがす真実へと迫る。彼女の“正義”は世界の本文をどう書き直すべきか──選択はやがて王都の命運を分ける。