16歳の天才ハッカー、水城陸。彼は560人が死亡した航空機墜落事故の犯人として冤罪の死刑判決を受けた。が、高いハッキング能力を買われ命と引き換えに国家を超えて捜査する広域警察の極秘捜査班・通称〈BUG〉に加わることになった。老数学者の身辺のハッキングを命じられ調査するうちに、自らの冤罪事件のからくりが見えてきて……権力に挑む天才青年ハッカーの戦いが今、はじまる。