瑠璃のたった一人の家族である父・黒曜が死んだ。
瑠璃に残されたのは黒曜が教えてくれた数珠造りとその道具だけだった。
一人になった瑠璃の元に、宙を泳ぐ鯉を連れた青年が現れる。
青年は魂の住む世界『常夜（とこよ）』にある『鯉屋』の若旦那で黒曜の知り合いだと言った。
黒曜の仕事は魂の理を守る道具を作ることで、教え込まれた数珠造りがその技術だった。
常夜には黒曜の力が必要だから黒曜の仕事を引き継いでほしいと頼まれる。
孤独になった瑠璃は未知の世界で新たな生活に踏み出すことになった。