昔、昔、アマテラスという女神がいました。 アマテラスが地上に降臨すると世界には光が齎され、生きとし生ける者の暮らしは豊かになりました。 しかし、ある時、地の底の地獄から悪しき存在エンマが現れたのです。エンマは地上を離れるのを拒む者達を悪霊に変え、自らの下僕としました。 アマテラスはエンマと戦い、その者を地獄の果てへと追い返しました。そして、共に戦った人間達と協力し、地獄を封印したのです。 しかし、戦いで力尽きたアマテラスは地上に留まる事が出来なくなりました。 アマテラスは再び地獄の門が開かれた時の為に、人間達に自らの力を託し、天へと還って行ったのでした。 時は経ち現代。 中学二年生の木花(きはな)さくやは幼い頃から三つ年上の幼馴染、安倍尊(あべのみこと)に想いを寄せていました。 さくやは安倍家のお屋敷で開かれる雅なお稽古事に励む事で、彼と会うのを日々の楽しみにしていたのです。 しかし、ある日の逢魔時、さくやは悪霊とそれに立ち向かう尊の姿を目にしてしまいました。驚いた事に、尊は悪霊を封じる使命を帯びた陰陽師だったのです。 悪霊に苦戦する尊。 想い人を助けたい。 そう願った時、さくやはアマテラスの力を受け継ぐ巫(かんなぎ)へと変身するのです。 巫ナデシコに変身したさくやは、友人となった巫女の千代、巫カグラと、忍者の末裔の楓、巫クノイチを仲間に加え、悪霊との戦いと己が恋の受難に挑む。