七坂小学校では、春休みにひとりの少女が行方不明になった。 少女と同じクラスの駿太は、クラスメイトでオカルト好きのおかるーから不思議な話を聞かされる。 それは、逢魔が時に少女は神隠しにあって、異世界【シン・学校のナナフシギ】に囚われてしまっているのだ、と。 現世と異世界との境が弱まる逢魔が時に、【シン・学校のナナフシギ】の七つのクエストをクリアすれば、少女は戻ってくる。 だが、それは普通の学校の七不思議の１００倍怖いという世界だった。 その話を信じた駿太は、新しくクラスに赴任したなーちゃん先生に協力してもらってクエスト隊を結成した。 なーちゃん先生は、ポンコツだけど神社の巫女さんで、見えないモノが見える霊能力者の持ち主だったのだ。 駿太たちクエスト隊と、なーちゃん先生は朝までにクエストを攻略して少女を連れ戻すことができるのだろうか？ だが、クエスト隊を待ち受けているのは、恐怖と混沌が支配する悲しいモノノケたちの世界だった。