ある日突然次元の狭間から現れた闇の軍勢、ダーク・レイド。
暗黒物質ダークマターの力を使う怪物たちに現代兵器は意味をなさず、人類は絶望のどん底へと落とされた……だが、闇に包まれそうになった世界に光を灯した者たちがいた！
それが五人の魔法少女——炎の魔法少女マイ。雷の魔法少女ナツキ。水の魔法少女セイナ。忍びの魔法少女クロハ。慈愛の魔法少女マリア——五人合わせてプリズム・ライツである！
魔法の力に選ばれた彼女たちは、力を合わせてダーク・レイドと戦い、なんとか勝利を納めたのだった！
人類は救われた……しかし平和は長く続かなかった。
なんと新たなる敵——ダーク・レイドの本隊が出現したのだ！
先の戦いは単なる威力偵察、言うなれば前哨戦であり、ここからが真の戦いであったのだ！
魔法少女たちは再び力を合わせ、戦いを挑み——ダーク・レイドの大首領ダーク・マーラと、その脇を固める二大巨頭、ダーク・ミラージュとダーク・ミリアドの超越的な力の前に為す術もなく敗北してしまったのだった……。
力なく倒れ伏す魔法少女たちに向けて、ダーク・マーラは告げた。
「これよりお前たちは、我々の孕み奴隷となる」
　そう。敗北した魔法少女の末路はたった一つ……。

果たして彼女たちの未来に待つのは、逆転勝利の歓声か、それとも完全敗北の媚声か……。
頑張れ！　プリズム・ライツ！
負けるな！　プリズム・ライツ！