影山哲哉は、考古学者を目指す小学六年生。一年前に引っ越してきた田舎町で、ある日、小坂家の埋蔵金と呼ばれる小判が発見された。発見者は、哲哉の憧れの人、高本満次郎博士。哲哉の通う小学校に博士の娘である莉那が転校してきて、ひょんなことから、哲哉、莉那、そして哲哉の親友・丹生祥吾の三人は、まだ見つかっていない残りの埋蔵金を探すことになる。それは夏休みの楽しい自由研究になるはずだった。しかし、思いがけず三人は恐ろしい事件に巻き込まれていくことになる――。