創立100周年を控える学園に、都市伝説として語り継がれる一つの事件があった。 1999年の創立記念日、校舎を占拠したテロリストと、人質となった生徒教職員全員が、血痕や争いの痕跡を残したまま、忽然と姿を消したのだ。 歴史好きの高校生である主人公は、個性豊かな友人たちと共に、その真実を解き明かそうと、古びた資料を手に旧校舎の探索を始める。 しかし、彼らが手にしたのは、事件で消えた生徒が残した「読めない文字の日記」だった。 その文字が示すのは、テロ事件は未来から来た時間犯罪者による偽装工作であり、その魔の手が再び現代に迫っているという、想像を絶する真実だった。 果たして、彼らは過去の悲劇を繰り返すことなく、消えた人々の運命を変えることができるのだろうか？