日本の首都が京都に移って二十五年が経とうとしているシンキョウト。 都警察で刑事をしていた小林満は、親友が犯人として逮捕された事件の捜査から外されたことをきっかけに退職して、ひとりで事件を調査していたが手詰まりの状態が続いていた。そんなとき、都警察の元上司からアイ探偵事務所を紹介される。都警察の諮問を務めていると噂があるＡＩ探偵アイは、国内の様々な難事件を解決する民間の調査機関だ。アイ探偵事務所で助手の小林一哉と知り合った満は、犯罪組織１０００８（ヨロズヤ）の存在を知らされる。満の親友が犯人だとする事件は、１０００８によって仕組まれたものであるとアイは推理する。一哉はその推理結果に沿って調査を進めようとするが、満はＡＩ探偵という存在そのものに懐疑的。それでも親友の無実を証明するためにアイ探偵事務所を頼ることにするが、１０００８の実行犯を逮捕することはほぼ不可能に近いと言われてしまい――。