時は西暦三千年代。様々な自然災害を経て日本国土の半分以上が海に沈んでいた。 世界は一つの集合体という認識が強くなり、日本という国はなくなり、アジア地域極東地区と呼ばれていた。 その頃人類は核廃棄物に影響を受け急激に進化した虫――GB（GIANT　BUG）からの襲撃に恐れをなしていた。 GBの集団と対峙すべく構成された防衛・厚生省。上に行くためには何の手段も選ばない後垣　彗（あとがき　すい）と組織になじめず自信を失って日々淡々と過ごす天部　畢（あまべ　みな）は悲惨な事件を機に出会い、そこから二人の自己変容が始まっていく。 今までの自分と本当の自分の間でバランスが取れずに戸惑う彗と、自分はどのように生きていきたいのか分からずに悩む畢。二人を取り巻く環境にやがて影が差し始め、否応なしにGBとの戦い飲み込まれていく。