乱立する仮想空間型ゲームの中で最も古く、人気のあるゲーム イージス・ユートピア。 しかし2050年にサービス開始してから2年後、ゲーム内に運営さえも手に負えないほどの殺人プレイヤー サムライが現れる。何かを求めるように暴走するサムライの前に名のあるプレイヤーは尽く倒されていき、壊滅寸前まで追い込まれてしまう。 だが、ある時期を境にサムライは忽然と姿を消し、まるで全てが嘘だったように仮想世界に平和が戻った。 それから3年後の2055年。VRゲーム初心者であるナギヤは、長年の夢であるイージス・ユートピアを正式にプレイできることになった。だがログインして数分後、ナギヤは空間に出現した黒い裂け目を見つけることになる。 興味本位で裂け目に触れたナギヤは全ての色が反転している謎の空間に飛ばされてしまい、そこで遭遇した漆黒の人型モンスター ノイズに襲われる。必死に逃げ回るナギヤだが、ノイズの身体能力の前に致命傷を負わされてしまう。殺されると覚悟した矢先、銀髪で和装姿のプレイヤー ブレイクが現れ、ノイズを手馴れた手つきで駆逐した。 話によるとブレイクは最近出現するようになった裏世界の調査を行っており、更にノイズに殺された者はアカウントが消滅し、2度とイージス・ユートピアにログインできなくなることを語る。 ブレイクは保護のためナギヤと共に行動するが、親交を深めていく内に彼女がサムライであった頃の自分を変えてくれたプレイヤーであることを知り──。