ある時、地球に隕石が落下する。その隕石には意思を持つ特殊な有機化合物『ゼノフォリウム』という物質が付着していた。人類はそのゼノフォリウムを解析し、新しいバイオプラント技術を開発する。 それはまさに魔法のような驚異的特性を持ち、科学者たちはゼノフォリウムで造られたプランターを、人類の願望を叶える聖杯として『グレイル』と名付けた。 その驚異的特性は軍事目的にも用いられ、その結果に生み出されたのものは、花の名を冠する最悪の兵器であった。この兵器が引き金となり、世界は瞬く間に一変してしまう。 そんな中、記憶を失った一人の少年が目を覚ます。 無機質で閉鎖的な部屋の中で記憶がないことに少年が困惑している最中、目の前に突如として銀髪ツインテールの謎の美少女アンドロイドが現れた。 ーー「私は、あんたを迎えに来た」 そして、少年は聞かされる。 自分の使命と犯した罪をーー。