西暦２１１１年。 謎のウィルスが蔓延した世界。 人は体内に埋め込まれたナノマシンによって管理、統制されていた。 通称クラウドシステムと呼ばれるこの「制御プログラム」は、人類の増加による地球環境の悪化によって計画された極秘プロジェクトだった。 全人類へナノマシンを埋め込むために用いられた人工ウィルス「CB」は、脳幹細胞へと侵入し、“自己人格“を破壊する。 人類は「自己」という生物学的にプログラムされた知覚を失ったことで、争いのない平和な世界を手に入れていた。 変化のない生活。 永遠に繰り返される「日常」を。 しかし、ナノマシンの制御プログラムにもバグが存在し、自己人格を取り戻すイレギュラーな人間も存在する。 そういった人間たちによって立ち上げられた組織、『ブルーアーカイブス』は、統制された世界から「自由」を取り戻すため、影から世界をコントロールしている国際組織『ICBM』の破壊を目論んでいた。 自己人格を取り戻しつつあった少年、水崎潤平は、ブルーアーカイブスの隊員、猪本サツキと出会う。 彼らは世界の“日常“を取り戻すため、共に戦うことを決意した。 ——その先に待ち受けていたものとは？