トランスヒューマニズムの発達した世界。 著しく貧富の差が激しい社会は、人々がランク分けされ、住む地域も決められていた。 脳内にAIを移植し、サイボーグ化が進み始めている富裕層。 貧民層の集められた東海ブロックに住む高校生の松山清志(ｷﾖｼ)は、治安部隊に殺された父親の死をきっかけに、父親がレジスタンス『Ｊｕｎｋs』の創始者であると同時に、AI研究の第一人者だったことを知る。 父親が研究していたと言う、ランク分けされた社会を根底からひっくり返すAIは、果たして完成していたのか？ 清志は、同級生でレジスタンスの一員である美少女、瑞希(ﾐｽﾞｷ)、自我を持つAIのソニアと共に、世界を変える為に戦う覚悟を決めた。