ナツキは、浦上ノ社小学校に通う5年生。 最近は大人気の生物学者の本に影響を受け、鳥の言葉を理解しようと日々努力している。 ある日、小学校で創立百周年を記念するイベントが開かれ、記念碑の下から四十年前に埋められたタイムカプセルが掘り出された。その中に入っていた小さなガラスのような玉。ところが、謎の転校生がそれを盗み取ってしまう。 その玉には、敵のカラスに追われて「鳥屋敷」から逃げ込んだ鳥たちが入り込んでいた。 鳥たちを現実の世界に戻すには、ただひとりの力では不可能。同じ時間に、複数の子どもたちが同じ「クリスタルの夢」を見る必要があるという。ナツキは、仲良しのクラスメートたちと、みんなで夢を共有する方法を模索し始める。