ある夜、愛犬との散歩中に未知の巨大生物に襲撃された予備校生の飯塚 翔真。彼は一度ならず、二度、三度と襲われ衝撃的な体験をする。そして、翔真が暮らす東京以外の地域でも同様の襲撃事件が発生する。その渦中、翔真を取り巻く友人や家族までもが巻き込まれ、犠牲者も出ることとなる。 遂には、その現象は海外をも席巻する。 その未知の巨大生物の背後に見え隠れする謎の人物達。彼らは何者なのか？何処から来て、何の為にこれら巨大生物達を連れてきたのか？謎が謎を呼び、翔真達は翻弄される。 彼らが秘密裏に遂行している謎の計画、『ExーZoo』。この計画の究極の目的とは？この全貌が遂に、翔真達に明かされることとなる。