七年前、当時大学生だった山川海はある事件に巻き込まれてしまうが、捜査に協力し、お隣の年上のお姉さん、横石玲子の同僚の東栄太、そして上司の如月等と事件を解決させる。海の憧れ、横石玲子は、警視庁公安課所属の潜入捜査官だった。敵対していた市原慎二が捜査に協力をしたことから事件は解決したように思えたのだったが、海はそこで事件の黒幕『Queen』の存在を知らされる。その後、彼女を追いかけるように潜入捜査官となった海と玲子の関係にも変化が……。そんな中、共に諸外国における潜入捜査を命じられた二人、そして数年前に市川から知らされた『Queen』率いる組織に辿り着くがあらたな展開が待っていた。『海の底』から続く完結編をどうぞ。