主人公は17歳、神代 直（カミシロ ナオ）現世では高校2年生 学園では成績は常に「中」、スポーツも「中」という、いたって平凡。 しかし、実は忍者の末裔の家に生まれ、今も脈々と受け継がれているものがあった。 あらゆる武器に精通し、武術の習得と勉強面での知識習得。 ーある日、教室の隅に現れた黒い点 それに気づいて指を近づけた瞬間、意識が飛んで昏倒した。 次に目覚めたのは、薄暗い石造りの部屋の中だった。 そこには人類とは程遠い異形の姿をした生物が複数存在していた。 目覚めた場所は"ダンジョン50階" 上階を目指すか、下階を目指すか、それとも.....。 神代家に伝わる伝承、神代の血、常に求められていた忍びとしての動き、『目立たないように』と言われ続けたナオの冒険が始まった。