平凡な専門学校生ーー小山倫太郎は、ある日空に浮いている黒い卵が見えるようになった。しかも、人々の頭の上にも白い卵がついていて、自分だけ黒い卵がついていることに気付いた。一旦そのまま学校に行った倫太郎は、先輩がこの世界を包んでいる「壁」の近くに赤い卵を隠したという話をクラスメイトから聞いて、一緒に行こうと誘われた。 だが、その日を境に、倫太郎の平穏な日常は壊された。なんと赤い卵と融合した先輩が豹変し、いきなり襲ってきたのだ！倫太郎は自分のブラックエッグと共に先輩と戦っている中、ちょっとした出来事でいきなり異世界へ飛び込んでしまう。そこは巨人が闊歩する世界。 果たして巨人に襲われてしまった倫太郎はこの世界で生き残り、卵の謎を解き、元の世界に戻ることができるのだろうか…!?