天才高校生・神藤葉羽は、ある日、幼馴染の望月彩由美から、彼女の屋敷が奇妙な現象に悩まされていると相談される。その屋敷は、代々、望月家に伝わるという古びた洋館で、深夜になると奇妙な音が響き渡り、幽霊を見たという噂も絶えない。葉羽は、推理小説好きの本性を隠せず、この謎を解くことに情熱を燃やす。

屋敷を訪れた葉羽は、そこで不可思議な出来事に次々と遭遇する。本が勝手にページをめくり、肖像画が夜になると表情を変えるなど、超常現象としか思えない現象の数々。そして、屋敷の地下には、先祖代々の秘密が隠された書庫があり、そこには、時空を操る力を持つという禁断の書物が存在していた。

葉羽は、彩由美と共に、屋敷の謎を解き明かそうとするが、二人の前に立ちはだかるのは、屋敷に棲みつく謎の影と、過去に起きた悲劇の真相だった。果たして、葉羽は、屋敷の秘密を解き明かし、彩由美を救うことができるのか？