現代の東京。平凡な高校生、海斗は、ある日突然、自身が古代都市アトランティスの末裔であり、特殊な異能「ポセイドンの血脈」を受け継いでいることを知る。時を同じくして、東京の地下には、アトランティスの遺産を狙う謎の組織「レヴィアタン」が暗躍し始めていた。

アトランティスの遺産は、強大な異能を引き出す力を持つと言われ、レヴィアタンはそれを手に入れ、世界を支配しようと企んでいた。海斗は、同じくアトランティスの末裔であるアスカ、リュウと出会い、彼らと共にレヴィアタンの野望を阻止するため、異能バトルを繰り広げることになる。

しかし、海斗たちは、異能を使いこなすことの難しさや、レヴィアタンとの戦いを通して、アトランティスの過去、そして自身の宿命と向き合っていく。アトランティスは、高度な文明を持っていたが、ある日突然、海に沈んでしまったという。レヴィアタンは、アトランティス滅亡の秘密を知り、その力を利用しようとしているらしい。

海斗たちは、アトランティスの遺跡を探索し、そこでアトランティスの記憶が記録されたクリスタルを発見する。クリスタルに触れた海斗は、アトランティスの過去の映像を見る。そこには、レヴィアタンのリーダーの祖先が、アトランティスの力を悪用し、滅亡に導いた様子が映し出されていた。

海斗は、自身の宿命を悟る。彼は、レヴィアタンの野望を阻止し、アトランティスの力を正しく使う使命を背負っていた。海斗たちは、レヴィアタンのリーダーが、アトランティスの遺産である巨大なエネルギー装置を起動させようとしていることを突き止める。装置が起動すれば、東京は壊滅的な被害を受ける。

海斗たちは、最後の戦いに挑む。レヴィアタンのリーダーは、アトランティスの力を吸収し、圧倒的な力で海斗たちを追い詰める。しかし、海斗たちは諦めずに立ち向かい、それぞれの力を最大限に引き出す。激しいバトルの末、海斗たちはレヴィアタンのリーダーを倒し、エネルギー装置を破壊する。東京は救われ、海斗たちはアトランティスの遺産を悪用しようとする者たちから守る使命を果たす。

戦いが終わり、海斗たちはそれぞれの日常に戻る。しかし、彼らはもう普通の高校生ではなかった。アトランティスの末裔としての宿命を背負い、異能を使いこなす者として、彼らはこれからも世界を守っていく。海斗は、アスカやリュウとの絆を深め、共に成長していくことを誓う。アスカは、情報収集能力をさらに磨き、レヴィアタンの残党を追跡する。リュウは、異能の力を制御し、人々のために役立てることを決意する。彼らは、アトランティスの遺産がもたらす光と影を見つめながら、未来へと歩みを進めていく。そして、海斗は、いつかアトランティスの真実を解き明かすことを心に誓う。