この物語は、ユベリアと呼ばれる謎の少女によってレイの住む町が破壊されるところから始まる。 レイは、世界に3つしか存在しない「羅禪時計」を託され、一時その場を逃れる。しかし、それと同時に、羅禪時計を使った零矢と肉体を共有する運命を背負うことになる。