人々の間で魔法の存在が囁かれる、とある世界のとある国。

少女リリーは母のジャンヌとともに森で、質素ながらも穏やかな暮らしをしていた。

しかし二人の許に、謎の少女が来訪したことで平穏は破られる。

ジャンヌの正体は、魔法を悪用し人々に災いをもたらす『魔女』。

その中でも世界を終焉に導くほどの力を持った『魔女の王』だったと告げられ、自分はそれを討伐に来た『異端審問官』だと少女から告げられる。

両者の激しい戦いにより、故郷の森は焼き尽くされ、リリーは母との別離を迎える・・・。

母に焦がれ、再び逢うためリリーは、ジャンヌを討伐に来た異端審問官、マリア・ガブリエルが学長を務める、『聖天教会庁立異端審問官養成学院』の門をくぐる。

入学とともに見習い異端審問官になったリリーは、学友とともに魔女と戦いながら最凶の魔女たる母の軌跡を追い求める。